Die Angabe von Github ist die Richtige.
Die Arduino IDE hat dir beim Öffnen der ino-Datei bestimmt folgendes angezeigt
.
Das Problem dabei ist, dass dabei nur die Datei TonUINO-TNG.ino in diesen Ordner verschoben wird. Dadurch passen dann die Pfadangaben in der Datei nicht mehr, weil der Ordner src nicht mit in diesen Ordner verschoben wurde. Wenn du den Ordner src mit in den Ordner verschiebst, wo die ino-Datei jetzt liegt (vermutlich TonUINO-TNG) sollte das Komplilieren klappen.
Das ist übrigens gerade nicht verwunderlich. Die neue Software ist ja noch ganz frisch. Bisher ist die Dokumentation in der FAQ darauf noch nicht angepasst und Fragen dazu gab es bisher auch nicht viele.