Oft muss man den src Ordner tatsächlich verschieben, weil die Arduino IDE beim öffnen die .ino darauf besteht, dass diese in einen gleichnamigen Ordner liegt. Tut sie das nicht bietet sie an den Ordner zu erstellen und die Datei zu verschieben. Dabei wird src aber nicht mitverschoben, weshalb man das dann selbst machen muss.
Wieder eines der Probleme, die man nicht hat wenn man PlatformIO verwendet.