Da mir das Thema noch keine Ruhe gelassen hat, und auch der neue Nano noch nicht angekommen ist, hab ich mir das Thema nochmal vorgenommen.
Kurzfassung: Schlussendlich hat die Programmierung über die GPIO Pins eines Raspis funktioniert.
Dazu habe ich nach der Anleitung von hier: Arduino Bootloader mit dem Raspberry Pi laden zuerst einen neuen Bootloader geflasht (was evtl im Nachhinein gar nicht nötig gewesen wäre, da bin ich mir aber nicht sicher)
Danach in der IDE die ino Datei kompiliert, als .hex Datei exportiert und auf den Raspi kopiert.
Wie teilweise hier beschrieben Flashing Arduino hex file in Linux with Avrdude – Skjoldtech
Auf dem Raspi dann die .hex Datei mit folgendem Befehl übertragen:
/opt/avrdude/bin/avrdude -p atmega328p -c linuxgpio -u -U flash:w:/home/pi/Tonuino.ino.eightanaloginputs.hex:i
(hierzu muss die Einrichtung von avrdude auf dem Raspi wie im ersten Link beschrieben schon erledigt sein, auch wenn der Bootloader nicht geflasht wurde)
Soweit ich jetzt noch testen konnte funktioniert es grundlegend und eine Ansage kommt sobald eine leere Karte an den RFID Leser gehalten wird.
Alles in allem eine etwas schwerere Geburt aber auch wieder etwas dazugelernt.
Evtl hilfreich für alle die einen Arduino haben, der sich partout nicht über USB programmieren lassen will.