Da sind Widerstände, bzw. (in einigen Fällen) Spannungsteiler dazwischen (siehst du wenn du den Arduino abnimmst). Da schlägt eine Durchgangsmessung nicht an.
Du könntest den Arduino von der Platine abmachen und (nur) den Reader kurzzeitig zum Test direkt an die entsprechenden Pins anschließen. Wenn die Konsole dann immer noch den Fehler ausgibt, hast du entweder Kontaktprobleme durch die Jumperkabel oder der Reader ist defekt.