Ich hab den Pololu vor den Step up geschalten, damit ich vom Pololu den Akkustrom abnehmen kann um den an A6 zu messen, für die Akkustandsüberwachung. Dem Pololu dürfte es soweit ich weiß egal sein ob er 3,7V oder 5V kriegt. So liegt im ausgeschalteten Zustand keine Spannung am Arduino/A6, das wurde hier im Forum irgendwo diskutiert, dass das dem Arduino schadet. @Thomas-Lehnert hat das mit MOSFETs realisiert, aber das war mir zu komplex.
In meinem Fall dürfte aber imo der Pololu nicht das Problem sein, da ja auf der 3,7V-Seite vom Step-Up alles intakt scheint, und der Kurzschluss auf der 5V-Seite liegt.
Edit: dieser Beitrag hatte mich auf die Idee gebracht