Bei dem Code gibt es das Problem, dass der Clickencoder mit den Pins 5,6 und 4 angesteuert wird, Pin4 aber gleichzeitig Busy-Pin ist. Leider ist das im Code nicht so leicht erkennbar: In Zeile 326 steht:
ClickEncoder encoder(pinA, pinB, STEPS);
wobei STEPS==4 ist. Tatsächlich steht bei dem Constructor der STEPS-Wert erst an vierter Stelle und an dritter Stelle (die mit diesem Aufruf auf 4 gesetzt wird) wird der Pin des Tasters definiert. Das wurde hier im Forum auch bereits diskutiert:
Da Du die Taster-Unterstützung des Drehgebers nicht über die ClickEncoder-Funktion umsetzt, sondern hierfür den Standard-TonUINO-Code verwendest, musst Du an dritter Stelle des Aufrufs einen anderen Pin einsetzen. Probier mal A0 (den Du ja wohl als Tast-Eingeng nutzt) oder einen ungenutzen Pin.