Zum Thema Magnete und RFID gibt es schon einen Thread:
Demnach ist es möglich, aber nicht unproblematisch. Die Magnete stören, aber es kann funktionieren. Das hängt von den konkreten verwendeten Magneten (d.h. deren Größe und Form) und deren Position ab.
Die Verwendung von Magneten für die Positionierung der Tonies ist meines Wissens übrigens einer der wesentlichen Punkte, der bei der Toniebox patentiert und somit gegenüber kommerziellen Nachahmern abgesichert ist. Aber für nichtkommerzielle Hobby-Projekte greift kein Patentschutz. 