Natürlich hat die Wahl der Lautsprecher eine direkte Auswirkung auf den Klang, aber das kann man nicht pauschal mit größer=besser beantworten. Kleinere Lautsprecher können durchaus besser klingen als etwas größere, müssen es aber nicht. Die Größe alleine würde ich also nicht als Entscheidungsgrundlage nehmen.
Wesentlich ist vor allem, ob Du stereo haben willst oder ob Dir mono reicht. Das hast Du Dir ja eigentlich schon selbst beantwortet. 
Bei Stereo brauchst Du aber noch einen Stereo-Verstärker, da der DFPlayer-eigene nur Mono ausgibt.
Ich hatte mich bei meinem Tony für Stereo entschieden, zum Einen aus Designgründen (die Lautsprecher sind die Ohren), zum Anderen, weil ich auch ein Hörspiel habe, das deutlich mit dem Links-Rechts-Unterschied spielt.
Nachtrag:Wenn Du einen TonUINO in etwa in Toniebox-Größe, d.h. inspesondere in Würfelform bauen willst, muss die Stereo-Variante ja nicht zwingend kleinere Lautsprecher bedeuten. Man kann die beiden Lautsprecher ja auch auf gegenüberliegenden Seiten der Box platzieren, wie z.B. sehr schön beim Robuino…