Ich empfehle dir nochmal wie oben aus der FAQ zitiert PlatformIO anstatt der Arduino IDE zu verwenden. Da hättest du weder das Problem mit dem src Ordner, noch müsstest du dich mit der platform.txt herumärgern.
Ansonsten gibt es zu Problemen mit der Arduino IDE dort auch einen Abschnitt in der FAQ.
Ich vermute, dass du den ersten Punkt dort nicht beachtet hast.