Die bisherige Beobachtung beim gd3200b ist, dass immer die Anzahl der Dateien im zuletzt gespielten Ordner ermittelt wird. Bevor etwas abgespielt wurde, wird der zuerst auf der SD-Karte gespeicherte Ordner verwendet.
Hast du schon probiert, ob nachdem etwas aus dem Ordner abgespielt wurde, getFolderTrackCount() die richtige Anzahl zurückgibt?