Da nicht bekannt ist, mit welcher Firmware Deine AiO Plus läuft, ist es etwas schwierig, passende Vorschläge zum debuggen zu machen.
Hinweise zum Debuggen sowohl zur DEV 2 als auch der TNG kannst Du finden in „Debugging mit der Konsole“. Damit müsste sich feststellen lassen, ob der Reader überhaupt erkannt und initialisiert wird.
Um einen Hardwarefehler in der Verbindung Reader zu AiO Plus auszuschließen, solltest Du diese nochmal peinlichst genau kontrollieren und sogar durchmessen (nur um einen Kabelbruch oder eine kalte Lötstelle auszuschließen). Dass die LED des Readers leuchtet, bedeutet NUR, dass er mit Spannung versorgt wird (sollte 3,3 V sein - bitte auch nachmessen), keineswegs auch dass die Datenleitungen OK sind.